由设有电网的高厚土墙围绕起来的方型建筑物，这座建筑约有4000平方米，后人称之为"四方楼"。"四方楼"的位置在上述各类辅助设施的稍偏东北方向的中心地带，即黄家窝堡与正黄五屯之间的1棵大柳树的中心位置，这是一处绝密地带，即使是倭国人出入也要进行严格检查。

"四方楼"是由4栋高达7层的楼房且周围连接起来构成的方型建筑群。东部为6栋，西部为5栋，南部为3栋，北部为4栋，3栋与4栋之间由中心走廊连接，将四方楼内院分别分成东西两个庭院，四方楼中3、4栋中心走廊的连接点为5层楼，其余部分为3层楼。全部建筑为钢筋混凝土砖瓦结构，外部墙面是灰白色，总占地面积15000平方米。

座落在"四方楼"南部，临街100余米与"四方楼"连通的一座"重"字型建筑，是细菌工厂的指挥中心本部大楼，称为1栋楼。这座"重"字型建筑建于1938年，为砖瓦结构，人字型楼顶。该建筑南部，为东西走向的两层楼，二楼中间是一个大约80平方米的房间，是摆放在细菌站活动中丧命的倭国军人骨灰盒的"安灵室"，底层为宽厅走廊。东端二楼东部是七三一部队长办公室、洗漱间和副官室，楼下是侍卫官室，其余部分是总务部和宪兵室；西侧一楼为诊疗部，二楼是细菌试验的标本陈列室。两层楼的后面，是与其平行的东西走向的人字屋顶的单层建筑，东侧宽13．5米，长52．7米，是配电室和器材供应部办公室；西侧宽13．5米，长65．5米，外连接一个长6．5米、宽6．5米的洗漱间和厕所，1939年为食堂，后改为兵器库。前后两座建筑由中心走廊相连，穿过后栋与四方楼3、4栋的中心走廊连通，中心走廊分地上走廊和地下通道，除暖气管道外，设有地上、地下更衣室、洗漱设施。本部大楼与四方楼细菌实验中心，四周建有高2米，长5公里的土墙，墙顶架设电网和铁刺网，围墙外挖有宽3米、深2．5米的防护壕，全部占地约16万平方米。

我军首先以迅雷不及掩耳之势，迅速占领了防守松弛的平房机场，缴获了731部队的飞机十余架