，则拥立福王朱由崧。

朱由崧当上皇帝后，刘良佐与黄得功、刘泽清、高杰并列江北四镇（淮安、扬州、庐州、泗州四个重要军事重镇）统帅，被封为广昌伯，专辖凤、寿两县，驻临淮，经理陈、杞一路。

而就在今年，建虏豫亲王多铎率军下江南，攻占南京，朱由崧逃往芜湖。刘良佐没有与以“清君侧”名义起兵谋反的高杰交锋，而是选择了顺清，带领自己手下10多万将卒投降了多铎，并被多铎命令“以原官从征”，跟随八旗兵追击弘光皇帝至芜湖。

自此之后，他和部下便被临时安置在南京附近。