的主要内容是：凡是在当地华人社团的汉族，或其他来自中国少数民族的华人，中华民国新政府请求日军，对上述驻国外的侨民的生命和财产予以保护，对中国的跨国商业和企业机构予以保护。中国公民在境外所拥有的土地、矿山、建筑等不动产，中国政府视为属于中国的领土和财产。如果日军无力尽到保护职责，请允许中国公民和各个组织机构拥有自卫武器，中国政府已经严令驻境外的中国公民和机构，不得以任何方式介入当地的战争纠纷，中国政府也不允许当地的战争损害中国的利益。作为交换条件，中国政府允许倭国军用和民用船只，无偿使用中国南海指定的航线，倭国是在中国南海海域唯一合法的国家，其他国家未经中国政府批准不得进入中国南海。

中国政府并不指望这个协议起多大的作用，至少能够对日军的野蛮行为有所约束，同时在某些方面可能为中国制造一些有利的借口。倭国方面对我军的战斗力还是有所顾忌，真的在太平洋上闹起来也占不到大便宜，再加上美国海上力量正在缓慢地恢复，总体上来说吃亏的还是倭国。所以，这个《南洋华人利益保护协定》，基本上没有什么阻碍就签订了。倭国海军提出在我国南海几个，要求允许倭国过往船只靠岸补充淡水和食品，我国政府也完全同意，这样的话你倭国人更得认真执行协定。